Los orígenes de la actividad universitaria en Canarias se remontan al año 1701 al establecerse un centro de estudios superiores de los religiosos agustinos en la ciudad de La Laguna. Su posterior evolución histórica está jalonada por una serie de disposiciones y anulaciones que se suceden desde 1744, cuando por Bula Pontificia se transforma dicho centro en la Universidad Eclesiástica de San Agustín, que nunca llegó a ponerse en marcha.
En 1792, un Real Decreto de Carlos IV con fecha de 11 de marzo ordena la creación, en la entonces capital de la isla de Tenerife, de la primera Universidad Literaria del archipiélago canario. Sin embargo, la agitada situación política que tuvo lugar desde 1793 impidió su efectivo establecimiento. Una vez restaurada la dinastía borbónica, Fernando VII retoma la ya antigua aspiración de los canarios de contar con un centro superior en las islas y, tratando de zanjar las rivalidades interinsulares acerca de su ubicación, en 1816 dicta un nuevo Real Decreto por el que resuelve «establecer en la Ciudad de San Cristóbal de La Laguna una Universidad con los mismos privilegios, exenciones y prerrogativas que gozan las demás de estos Reinos, y que dicha Universidad se denomine y llame Universidad de San Fernando». Para ello, la casa colegio de la Compañía de Jesús de La Laguna se convirtió en la primera sede de la Universidad Literaria de San Fernando, que abrió sus puertas como institución académica el 12 de enero de 1817.
Pero pronto, el edificio resultó ser insuficiente para el progresivo aumento de alumnos, por lo que en diciembre de 1821 comienza el traslado parcial de la Universidad al Convento de San Agustín, conviviendo en él los estudiantes con la comunidad religiosa, hasta que finalmente, en 1837, la totalidad del Convento es destina a la actividad universitaria, tras la ley desamortizadora de Mendizábal, que supuso la exclaustración forzosa de los religiosos de la Orden.
De este modo, la Casa Colegio de los Jesuitas se destinó a albergar la sala sectorial, el salón de claustros y actos públicos, la biblioteca, así como los estudios de Latinidad y la escuela de primeras letras dependiente del Ayuntamiento de La Laguna. La Sociedad Patriótica y la Real Sociedad Económica de Amigos del País también disponían de una sala de reuniones en este edificio. Pero las múltiples deficiencias que sufre la Universidad, sobre todo debidas a la carencia de medios y profesorado estable, conducen a que se vuelvan a suceder órdenes de reapertura y clausura, hasta que en 1845 se suprime definitivamente por una Real Orden que dejó reducido a diez el número de universidades españolas y dispone la creación en La Laguna del Instituto de Canarias.
La Facultad de Farmacia se crea en 1974 y la de Ciencias Económicas y Empresariales en 1975. La Escuela Universitaria de Enfermería nace en 1977, un año antes de que tuviera lugar la división de la Facultad de Ciencias y se crearan las facultades de Biología y de Matemáticas. En ese mismo año de 1978 se adscribe la Escuela Universitaria de Trabajo Social y en 1979 la Facultad de Bellas Artes. En 1982 se segrega la antigua Facultad de Filosofía y Letras en las Facultades de Filología, de Filosofía, de Psicología y Ciencias de la Educación y de Geografía e Historia.
En 1987 la antigua Escuela Universitaria de Enfermería pasa a denominarse de Enfermería y Fisioterapia, en 1988 se crea la Facultad de Ciencias de la Información y en 1989 la Facultad de Psicología y la de Físicas. La década de los noventa se caracteriza por el nacimiento de un nuevo tipo de centros, más acorde con la realidad que impone el nuevo sistema universitario español, por lo que surgen los Centros Superiores de Náutica y Estudios del Mar y de Informática (1990), de Ciencias Agrarias (1991) y, en 1995, el de Educación. Por último, en 1999 nace el Centro Superior de Ciencias Políticas y Sociales.
